Фамилия Таптунов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность («чей?» — сын Таптуна). Основа — Таптун. Скорее всего, это не полное крестильное имя, а прозвище или производная форма от какого-либо слова.

Самая вероятная версия отсылает к тюркским языкам. В них есть корень «тап», означающий «находить», «добывать» или «бить, ударять» (ср. татарское «табу» — находить). Прозвище Таптун могли дать человеку удачливому, «находчивому» (в прямом смысле — умеющему найти потерянное) или, наоборот, резкому, бойкому, «бьющему». В русских говорах слово «таптун» не зафиксировано, что делает тюркское влияние почти бесспорным: фамилия явно возникла в зоне активных контактов славян и тюрков — в Поволжье, Приуралье или на юге России.

Менее убедительная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «таптать» (топтать, мять). В этом случае Таптун — тот, кто топчет, например, глину или тесто, то есть прозвище по ремеслу. Однако в русском языке для таких значений типичнее суффиксы -ун (топтун, толкун), а не -ун с твёрдым [т] перед ним. Сочетание «пт» в корне нетипично для исконно русских слов, что склоняет чашу весов в пользу заимствования.

Интересная деталь: фамилия Таптунов — отчество второго порядка, образованное от прозвища Таптун, которое само по себе уже было именованием. Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и перешло в фамилию без промежуточного уменьшительного имени. Географически фамилия встречается точечно, чаще всего на Урале и в Сибири, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне и служилые люди из центральных и южных регионов. Сословно предки Таптуновых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, реже — казаками.

Однокоренных фамилий практически нет, что подчёркивает уникальность корня. Встречается вариант Таптунов с ударением на первый слог, что характерно для восточнославянских фамилий тюркского происхождения.