Фамилия Тимоникова — женская форма фамилии Тимоников, и её происхождение стоит искать в мужском имени или прозвище. Основа фамилии — корень «Тимон-», который восходит к крестильному имени Тимон. Это имя греческого происхождения (от «тимэ» — «честь, почитание») носил один из семидесяти апостолов, диакон иерусалимской церкви. В святцах имя было нередким, но в народной среде давало несколько производных форм: Тимоха, Тимоша, Тимошка и, реже, Тимоня или Тимон.

Суффикс «-ик» в основе «Тимоник» указывает на прозвищное или уменьшительно-ласкательное образование: Тимоник — это человек, которого звали Тимоном, но в быту называли ласково, с оттенком «малый, молодой, свой». Такая модель типична для русских фамилий на -ик, -ык, -ук, особенно распространённых в южных и западных регионах России, а также на Украине. Фамилии на -иков чаще встречаются в воронежских, курских, белгородских землях, где суффикс -ик активно использовался для обозначения сыновей или потомков: Тимоник → Тимоников — «сын Тимоника».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с прозвищем Тимоня от глагола «тимонить» (в диалектах — медлить, мешкать). В этом случае Тимоник мог получить прозвище за неторопливость, а фамилия закрепилась по той же словообразовательной схеме.

По сословному составу фамилия Тимониковы, скорее всего, относится к крестьянским или мещанским. В документах XIX века носители фамилии встречаются в Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниях, что подтверждает её корни в чернозёмной полосе России. В некоторых переписях фамилия записывалась как Тимонинов или Тимонин — из-за небрежности писарей, путавших суффиксы.

Таким образом, Тимоникова — это «женская» версия фамилии, образованной от имени Тимон через уменьшительную форму Тимоник. Предки носительницы могли быть крестьянами или ремесленниками из центрально-чернозёмных губерний, а сама фамилия сохранила редкий суффикс -иков, который сегодня встречается нечасто.