Фамилия Тимоник — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт географию происхождения. В русских фамилиях типичны окончания -ов, -ин, -ский. Здесь же — -ик, и это почти стопроцентный маркер украинского, белорусского или польского ареала. В восточнославянской традиции суффикс -ик указывал на маленького, младшего: отца звали Тимоха, а его сына — Тимоник, то есть «маленький Тимоха».

Основа фамилии — производная от канонического имени Тимофей. В народной речи имя сократили до Тимоха, Тимоша, а затем и до Тимона или Тимони. Отсюда Тимоник — «сын Тимони». То же словообразовательное гнездо дало фамилии Тимохин, Тимошин, Тимофеев, но Тимоник стоит особняком: он не притяжательный (чей?), а уменьшительно-патронимический (чей сынок?).

Встречается фамилия в основном на западе бывшей Российской империи — в современной Украине, Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Написание могло колебаться: в метрических книгах XIX века нередко писали «Тимоныкъ» или «Тимоникъ» с твёрдым знаком на конце.

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Тимоник, данного человеку, который постоянно твердил «ти́мо» или «ти́мать» — местный диалектный глагол со значением «медлить, тянуть». Но ономасты такой корень не фиксируют, и связь с именем Тимофей остаётся основным объяснением.