Основой фамилии Тимонина послужило церковное имя Тимон. Фамилия Тимонина образована от имени Тимоня, которое является народной формой крестильного мужского имени Тимон, что переводится с древнегреческого как «почитающий». Согласно другой версии, Тимоня — уменьшительная форма имени Тимофей (в переводе с древнегреческого - «почитающий Бога»). Скорее всего, основатель рода Тимониных был выходцем из рабочей или крестьянской среды.