Фамилия Тимонина образована от имени Тимоня — народной, обиходной формы крестильного мужского имени Тимон. С древнегреческого это имя переводится как «почитающий». Есть и вторая версия, по которой Тимоня — это уменьшительная форма имени Тимофей, что в переводе означает «почитающий Бога». Обе версии сходятся в основе: корень здесь связан с почитанием, почтением, и обе имеют право на существование, хотя первая выглядит более прямой и потому предпочтительной.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Тимонина — это «дочь Тимони» или «жена Тимони». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. В данном случае основа Тимоня дала форму Тимонин, а женский вариант Тимонина закрепился за представительницами рода. Мужская форма — Тимонин — встречается чаще, но женская не менее показательна для истории семьи.

Скорее всего, основатель рода Тимониных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. На это указывает сама модель фамилии: простые, «бытовые» формы имен вроде Тимоня использовались в народной среде, тогда как в дворянских родах чаще закреплялись полные церковные формы. В документах XVII–XIX веков крестьяне и посадские люди нередко записывались именно по обиходному имени отца, поэтому фамилия Тимонина могла возникнуть в любой местности, где было распространено имя Тимон или Тимофей.

Интересно, что имя Тимон в святцах связано с апостолом от семидесяти, диаконом Тимоном, поэтому оно не было редкостью в православной среде. Однако со временем оно почти вышло из употребления, уступив место более популярному Тимофею. Это делает фамилию Тимонина своеобразным «хранителем» старого имени — в ней сохранилась та форма, которая в живой речи почти исчезла.