В основу фамилии Тимонин легло мирское имя Тимон. Фамилия Тимонин восходит к уменьшительной форме нередкого в прошлом канонического мужского имени Тимофей (в переводе с древнегреческого – «почитающий Бога») или к редкому родственному имени Тимон (от греческого «почитающий»). В результате, потомок человека, обладающего именем Тимоша, со временем получил фамилию Тимонин. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Тимошиных можно лишь на основании генеалогических исследований.