Фамилия Тимонин в своей основе имеет нередкое в прошлом мирское имя Тимон или уменьшительную форму канонического имени Тимофей. Если следовать второй версии, то в переводе с древнегреческого Тимофей означает «почитающий Бога», а редкое родственное имя Тимон переводят как просто «почитающий». Так или иначе, потомок человека, которого в быту звали Тимошей, со временем получал фамилию Тимонин.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». То есть Тимонин буквально означает «сын Тимоши» или «ребёнок Тимона». Такой тип фамилий был широко распространён в русских землях, особенно в северных и центральных регионах, где патронимические прозвища на -ин закреплялись за крестьянскими и посадскими родами раньше, чем за дворянскими.

Интересно, что имя Тимофей в старину бытовало в самых разных слоях общества, но именно форма Тимон и Тимоша чаще встречалась в простонародной среде. Это позволяет предположить, что предки современных Тимониных были людьми незнатными: крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору». В писцовых книгах XVI–XVII веков нередко фиксировали крестьян с такими именами, но точное место и время возникновения конкретного рода Тимониных можно установить только через генеалогические разыскания.

Процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, поэтому нельзя утверждать, что все Тимонины происходят из одного гнезда. Скорее, фамилия возникала независимо в разных уездах, везде, где жили люди с именем Тимон или Тимоша. От той же основы образованы и родственные фамилии: Тимошин, Тимохин, Тимофеев, Тимашов. Но Тимонин стоит особняком, поскольку опирается именно на краткую, почти ласкательную форму, которая звучит проще и народнее, чем полное церковное имя.