Фамилия Тимоничев — одна из тех, чью основу легко распознать на слух, но при ближайшем разборе она обнаруживает неочевидную деталь. В её центре лежит имя Тимофей, а точнее — его народная, разговорная форма Тимо́ня. От неё с помощью уменьшительного суффикса -ич- (Тимонич — «сын Тимони») и далее фамильного суффикса -ев- и образовалась фамилия. Если бы в основе лежало полное имя Тимофей, мы бы получили Тимофеев. Тимоничев — это более «домашний», патронимический вариант, указывающий на то, что предка звали не просто Тимофей, а ласково или обиходно — Тимо́ня.

Суффикс -ич- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев или -ин, и чаще всего он маркирует западное или северное происхождение рода. В белорусской и украинской традиции фамилии на -ич (Тимонич, Тимофеевич) являются нормой, а в великорусских говорах они нередко указывают на выходцев из бывшего Великого княжества Литовского или из новгородских земель. Так что носители фамилии Тимоничев, скорее всего, имеют корни либо в Смоленской, Брянской, Псковской областях, либо в регионах, куда в XVI–XVII веках переселялись жители этих территорий.

Само имя Тимофей (от греческого «почитающий Бога») было на Руси одним из самых распространённых, поэтому у фамилии много «родственников»: Тимофеев, Тимохин, Тимошин, Тимонин. Тимоничев стоит в этом ряду особняком — благодаря редкому суффиксу он звучит более архаично и конкретно, как будто указывает не на «внука Тимофея», а на «сына Тимони» в третьем поколении. В документах XVII–XVIII веков такая фамилия могла фиксироваться в формах Тимоничевъ или Тимоничовъ, но орфографическая норма закрепила вариант с -ев-.

Географически фамилия никогда не была массовой. По данным переписей XIX–XX веков, её чаще всего встречали в южных уездах Вятской губернии и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы уносили свои прозвания. Это подтверждает версию о севернорусском или вятском происхождении: именно там любили патронимы на -ич, которые потом застывали в фамилиях. Так что предки современного Тимоничева могли быть крестьянами-землепашцами или ремесленниками, но само прозвище не несёт в себе ни сословной окраски, ни указания на занятие — только имя деда.