Фамилия Тимоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Тимон. Каноническое мужское имя Тимон переводится с древнегреческого как «почитающий». Согласно другой версии, фамилия Тимоненко может быть образована от мужского имени Тимоня — уменьшительной формы имени Тимофей (в переводе с древнегреческого - «почитающий Бога»). Поэтому Тимоненко буквально понималось как «сын Тимона».