Фамилия Тимони — редкий случай, когда на слух она звучит как украинская или польская (с ударением на последний слог), а по сути оказывается исконно русской, северной. Всё дело в финальном -и: в русской традиции так оформлялись фамилии в родительном падеже множественного числа, отвечая на вопрос «чьи?» — Тимони, то есть «из семьи Тимони». Такая модель типична для северных и центральных областей России, особенно для Архангельской, Вологодской и Вятской губерний, где фамилии на -их, -ых, -и (Тимони, Тимохины, Седых) до сих пор встречаются чаще, чем в южных регионах.

В основе фамилии лежит каноническое имя Тимофей, которое в русском быту сокращали до просторечных форм Тимоха, Тимоша, а иногда и до совсем короткой — Тимо́ня. Суффикс -оня придавал имени ласкательный или обиходный оттенок, как Ваня от Иван, Тоня от Антон. Таким образом, Тимо́ня — это уменьшительное от Тимофей. Фамилия Тимони закрепилась за потомками человека, которого в деревне звали Тимо́ня, и буквально означает «они из рода Тимони».

От той же основы образованы и гораздо более распространённые фамилии: Тимонин, Тимохин, Тимошин. Но Тимони отличается редким окончанием: если Тимонин — это «чей?» (единственное число), то Тимони — «чьи?» (множественное). Это не просто грамматический нюанс, а маркер особого, архаичного способа называть целую семью или двор. В старых писцовых книгах можно встретить записи вроде «двор Тимони», где слово уже выступало как прозвание всей семьи, а не отдельного человека.

Учитывая северное происхождение, предки носителей фамилии Тимони скорее всего были государственными или монастырскими крестьянами, реже — посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародных корнях. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, и географически она по-прежнему тяготеет к северу Европейской части России, хотя отдельные ветви могли рассеяться по стране в ходе переселений XX века.