Имя Тишуня – производная форма имени Тихон, которое образовано от древнегреческого слова eutychon – «удачливый». Скорее всего, основатель рода Тишуниных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Тишуня, со временем получил фамилию Тишунина.