Фамилия Тохтахунова образована по тюркской модели именования и напрямую связана с мужским личным именем Тохтахун. Это имя составное, и его основа хорошо прослеживается. Первая часть, «тохта», восходит к тюркскому глаголу со значением «останавливаться», «стоять», «держаться». Вторая часть, «хун», восходит к слову «хан» (властитель, правитель). Таким образом, имя Тохтахун в переносном смысле означало «стойкий правитель», «непоколебимый владыка» или, в более широком бытовом значении, «устойчивый, крепкий, как хан». Родители, давая такое имя, вкладывали в него пожелание сыну твёрдости в жизни, умения выстоять в трудностях и обрести прочное положение.

Словообразовательная модель, по которой возникла фамилия, типична для многих народов, испытавших влияние тюркской культуры. К основе имени Тохтахун добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем и родовое окончание -а, указывающее на принадлежность к женской линии или к семье в целом. В исторической перспективе фамилия Тохтахунова — это форма женского рода, а мужской вариант звучит как Тохтахунов. Первоначально так называли сына, внука или дочь человека по имени Тохтахун, и лишь позднее это прозвание закрепилось как наследственная фамилия.

Интересно, что фамилия Тохтахунова вписывается в широкий пласт русских фамилий, которые ведут начало от тюркских прозвищ и имён. Эта традиция уходит корнями в эпоху средневековья, когда контакты славянского и тюркского миров были интенсивными. Так, многие знаменитые русские фамилии имеют тюркскую основу: Тургенев — от прозвища Турген (переводится как «быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). Фамилия Тохтахунова стоит в этом же ряду, хотя и не получила такой же широкой известности.

География бытования фамилии сегодня широка, но её ядро, вероятно, связано с регионами Поволжья, Урала и Сибири, где исторически проживали татары, башкиры и другие тюркские народы. Встречается она и у русских, что объясняется многовековыми смешанными браками и культурным обменом. Из-за особенностей произношения в разных регионах фамилия могла записываться с вариациями, например, Тохтагунов или Тухтахунов, но исходная форма сохраняет связь с первоначальным именем-оберегом.

Отдельного упоминания заслуживает редкий для русской ономастики конечный элемент «-хун». Если в фамилиях типа Иванов или Петров основа прозрачна, то здесь слышится явный восточный оттенок. Это делает фамилию Тохтахунова не просто генеалогическим маркером, но и напоминанием о тех временах, когда имя человека было не формальным ярлыком, а закодированным пожеланием судьбы. Носительница такой фамилии может с полным правом считать, что в её родовом имени заложена идея стойкости и внутренней силы.