Фамилия Токкожаева — редкий пример, где географическое происхождение перевешивает прозрачность корня. Её основа — казахское мужское имя Токкожа, которое состоит из двух частей: «ток» (сытый, полный, достаточный) и «кожа» (господин, хозяин, а также почётный титул для потомков пророка). Получается «сытый господин» или «достаток господина» — имя-пожелание благополучия и знатности. Фамилия образована по русской модели: к основе Токкожа добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) и женское окончание -а. Мужской вариант — Токкожаев.

Приставка «Ток-» встречается и в других казахских именах (Токтар, Токсанбай), но именно пара «ток» + «кожа» указывает на возможную социальную среду. «Кожа» в казахской традиции — не просто вежливое обращение, а знак принадлежности к сословию «кожа» (потомки пророка Мухаммеда через дочь Фатиму). Такие семьи пользовались особым уважением, часто были муллами, учителями или судьями. Поэтому предки носителей фамилии могли быть не просто скотоводами, а представителями духовного сословия, хотя имя Токкожа могли дать и обычному ребёнку в пожелательном смысле — «будь богат и уважаем».

Географически фамилия привязана к Казахстану и приграничным регионам России (Астраханская, Оренбургская области). В русских документах XIX века казахские имена часто записывали на слух, поэтому встречаются варианты Токкожаев, Токкожин, Токкожев. Суффикс -ев (а не -ин) типичен для фамилий, образованных от имён на мягкий согласный или -а/-я: от Токкожа (звучит как Токкожя) закономерно получился Токкожаев.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду других казахско-русских гибридов: Ахметжанов, Бекмухамбетов, Куандыков. Но особенность Токкожаева — в редком втором компоненте «кожа», который редко становится основой русской фамилии. Если сравнивать с однокоренными, то в Казахстане известны фамилии Кожаев (от «кожа») и Токтаев (от «токта» — стой, остановись), но соединение двух корней встречается нечасто. Это делает фамилию ценной для ономастики: она сохранила и тюркское имя-пожелание, и следы социального статуса, и процесс русификации через суффикс.