Фамилия Токтун — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с тюркскими корнями. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, она не имеет типичного фамильного суффикса и застыла в форме, близкой к исходному слову. Это сразу указывает на её нерусское, вероятно, тюркское происхождение, и на то, что складывалась она в среде, где фамилии давались по личной характеристике, а не по отцу.

Самая прямая версия отсылает к тюркскому глаголу «токта» (или «тукта») — «останавливаться», «стоять», «задерживаться». В тюркских языках есть слово «токтун» (или «токтаун»), которое может означать «остановившийся», «оседлый» или даже «стойкий», «устойчивый». Прозвище Токтун могли дать человеку спокойному, медлительному, либо, наоборот, тому, кто долго задерживался на одном месте, не кочевал. В среде сибирских татар или башкир такое прозвище было бы понятным и естественным.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским «ток» (сытый, полный) и «тун» (шуба, одежда). В этом случае «токтун» могло означать «сытый, одетый», то есть зажиточный человек. Однако эта этимология сложнее, и более логичным выглядит образование от глагольной основы.

Географически фамилия Токтун тяготеет к регионам с тюркским населением — Поволжье, Урал, Сибирь. Встречается она крайне редко, что говорит о её локальном характере. Носители фамилии, скорее всего, потомки тюркских народов, которые получили фамилию по прозвищу предка в XIX веке, при переписях и паспортизации. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по падежам у мужчин (Токтуна, Токтуну).

Разбор фамилии по суффиксальной модели здесь не работает — нет ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это так называемая «чистая» фамилия, где исходное слово стало родовым именем без дополнительных формантов. Такое встречается в тюркских фамилиях, особенно у татар, башкир, казахов. Если сравнивать с однокоренными, можно вспомнить фамилию Токтаров (от имени Токтар) или Токмаков (от тюркского «токмак» — колотушка), но Токтун стоит особняком — у неё нет распространённых «родственников» в русском ономастиконе, что подчёркивает её редкость.