Фамилия Толубаева образована от древнетюркско-татарского имени Толубай. Оно имеет несколько вариантов перевода: «бай (состоятельный, влиятельный человек) с косой (длинноволосый)», «живой, здоровый, невредимый, благополучный; богатый во всех отношениях», «вооруженный бай (воин)». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Толубаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.