Фамилия Толубаев образована от древнетюркско-татарского имени Толубай. Оно имеет несколько вариантов перевода: «бай (состоятельный, влиятельный человек) с косой (длинноволосый)», «живой, здоровый, невредимый, благополучный; богатый во всех отношениях», «вооруженный бай (воин)».