Фамилия Толубко ведет начало от прозвища Толуб. В его основе лежит украинское нарицательное «толоб» — «кадка». Такое прозвище могло указывать на род занятий предка: вероятно, он был бочаром, то есть мастером, который делал бочки, кадки и другую обручную посуду. Однако есть и другая версия: Толубом могли прозвать крупного, полного человека — округлого, как кадка. В старину полнота не считалась недостатком, наоборот, она ассоциировалась со здоровьем, красотой и сытой, безбедной жизнью, поэтому такое прозвище вряд ли было обидным.

Формант -ко, характерный для украинских фамилий, изначально имел значение уменьшительности или принадлежности: Толубко — «сын Толуба», «маленький Толуб». Со временем прозвище, которое сначала присоединяли к наследственному имени, полностью заменило его и в быту, и в официальных документах, закрепившись как фамилия.

Интересно, что на русской почве та же основа дала фамилию Толубеев, а в украинской традиции встречаются варианты Толуб, Толуба и Толубенко. Все они — следы одного прозвищного корня, который связывал человека либо с бондарным ремеслом, либо с его внешним обликом.