Фамилия Толубенский звучит как типичная фамилия польского или украинского происхождения, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -ский (в польском варианте -ski) указывает на дворянское или шляхетское происхождение в Польше, Великом княжестве Литовском и на западе современной Украины. Однако в русской среде такие фамилии нередко получали и выходцы из духовенства при поступлении в семинарию — им давали фамилии по названию села или по искусственно образованному корню.

Основа «Толубен-» скорее всего связана с топонимом. На западе Украины и в Польше встречаются села с названиями вроде Толубин, Толубень, Толубов. Фамилия могла образоваться от названия места, где жил предок — владелец или арендатор земли. В таком случае Толубенский — это «тот, кто из Толубени». Другая, менее вероятная версия — от прозвища Толуба, которое могло быть связано с диалектным словом «толуба» (неуклюжий, тяжелый на подъем человек) или с тюркским «толуб» (просьба, мольба), но для фамилий на -ский прозвищная основа встречается реже.

В документах XIX века фамилия Толубенский фиксируется в основном среди мелкопоместной шляхты Волынской и Подольской губерний, а также среди духовенства Киевской епархии. Интересно, что в некоторых метрических книгах встречается вариант написания «Толубинский» — это характерная путаница, когда суффикс менялся в зависимости от местного говора или неграмотности писаря.

Если ваш предок носил эту фамилию, с высокой вероятностью он либо происходил из обедневшего шляхетского рода, владевшего хутором или деревней Толубень, либо был сыном священника, которому дали фамилию по названию прихода. Однозначно сказать, какая версия верна для конкретной семьи, можно только по географической привязке: если предки жили на Волыни или в Подолье — скорее шляхта, если в центральной России или Беларуси — возможно, семинарская фамилия.