Фамилия Томило звучит как застывшее древнерусское имя, и это действительно так: в её основе лежит нецерковное мужское имя Томило, которое в XV–XVI веках было на Руси одним из самых ходовых. Прямой ответ на вопрос, откуда она пошла, — от глагола «томити», то есть «томить, мучить, изнурять, истощать». Но за этим суровым значением стоит не характер предка, а обстоятельства его появления на свет.

Имя Томило, как и его «родственник» Истома (от которого пошла фамилия Истомин), чаще всего давали младенцу, родившемуся в трудных, затяжных родах. Мать мучилась, и это мучение буквально зашивали в имя ребёнка, надеясь таким образом задобрить судьбу или просто зафиксировать событие. Версия, что так могли прозвать капризного, «томящего» родителей малыша, существует, но выглядит менее убедительной: у восточных славян был целый пласт имён, связанных с тяготами рождения, и Томило вписывается в этот ряд куда естественнее.

Исторические документы сохранили несколько ранних упоминаний. С. Веселовский в своих трудах приводит крестьянина Багряного Томилу (1627 год) и крестьянина Петра Томилу (1629 год). Любопытно, что имя не было крестьянским по происхождению: в середине XVII века Томило Истомин служил дьяком большого Конюшенного приказа — должность заметная, требовавшая грамотности и близости к царскому двору. А в 1670 году конный казак Игнат Томилов основал село Томилово на территории нынешнего Юргинского района Кемеровской области — так имя перешло в сибирскую топонимику.

Сама фамилия образована бессуффиксальным способом: к основе Томило ничего не добавили, просто закрепили имя за потомками. Такая модель встречается реже, чем привычные Томилов или Томилин, и часто указывает на украинское или белорусское происхождение рода. Впрочем, фамилия Томилко, которая тоже встречается, — это уже явный украинский вариант с уменьшительным суффиксом, тогда как Томило могло бытовать и в северорусских землях, где бессуффиксные формы имен не были редкостью.