Фамилия Тонекгеп — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но при этом совершенно не поддаётся привычной славянской этимологии. В ней нет ни русского корня, ни типичных для русских фамилий суффиксов -ов, -ин или -ский. Это сразу указывает на иноязычное происхождение, причём, скорее всего, не тюркское и не финно-угорское, где основы обычно короче и прозрачнее.

Слово «Тонекгеп» разбивается на части: «Тонек» и «геп». Вторая часть, «-геп», напоминает окончание, характерное для немецких географических названий или фамилий, образованных от них (ср. Брауншвейг, или фамилии на -геп, встречающиеся у российских немцев). Если это так, то первая часть «Тонек» может быть искажённым вариантом немецкого имени или топонима. Например, «Тонек» могло произойти от «Thon» (глина) или диалектного «Tonne» (бочка, тонна) с уменьшительным суффиксом -ек. В таком случае фамилия могла означать «глиняный человек» или «сын бочара» — прозвище по роду занятий или месту жительства (например, у глиняного карьера).

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть в среде поволжских немцев или прибалтийских переселенцев, где фамилии нередко фиксировались на слух писарем. В этом случае «Тонекгеп» — это запись немецкого «Tonnekepp» или «Tonnkopf» (буквально «бочковая голова» — прозвище человека с круглой, крупной головой). Такие прозвища были распространены в бюргерской среде, а при переходе в русский язык сложное сочетание согласных упростилось до «Тонекгеп».

В любом случае, фамилия Тонекгеп — не русская по происхождению. Её носители, вероятнее всего, потомки немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Географически она может быть связана с Поволжьем или югом Украины, где селились выходцы из германских земель. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальный характер и возможное искажение при записи в метрических книгах.