Фамилия Топычконов — случай, когда редкая основа сочетается с нестандартным суффиксом, и это сразу выдает её искусственное, книжное происхождение. Если большинство русских фамилий на -ов образованы от прозвищ или профессий, то здесь перед нами, скорее всего, фамилия, возникшая в среде духовенства — в семинариях или приходских училищах.

Разберём основу. «Топычка» или «топычка» — диалектное слово, означающее нечто торчащее, выпирающее, короткое и толстое. В говорах так называли низкорослого, коренастого человека, а иногда — предмет вроде небольшого колышка или выступа. Фамилии на -ка, вроде Топычка, обычно давались по внешности или повадке. Но тут к этой основе добавлен суффикс -онов, а не обычное -ов. Это не ошибка: в русском языке фамилии от прозвищ на -ка часто переоформлялись по модели отчества, где суффикс -ин был бы ожидаем (Топычкин), но семинарская традиция предпочитала «облагораживать» звучание, заменяя просторечное -ин на более «учёное» -онов. Сравните: Клюкин → Клюконов, Булка → Булконов.

Таким образом, исходное прозвище Топычка могло принадлежать крестьянину или посадскому человеку. Однако сама фамилия Топычконов — это уже вторичное образование. Её носителем, вероятнее всего, был сын священника или дьячка, которого в семинарии записали не по отцу (Топычкин), а по деду или по прозвищу предка, но с «академическим» суффиксом. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где диалектное слово «топычка» было в ходу, а семинарские списки — многочисленны.

Встречается и другая, более прозаичная версия: от глагола «топычить» — выставлять вперёд, топорщить. В этом случае Топычконов — потомок человека с характерной манерой держаться или, возможно, с торчащими ушами или бородой. Но и здесь суффикс -онов остаётся маркером искусственной фамилии. В любом случае, это не крестьянская фамилия, а фамилия, рождённая в канцелярии или школе, что делает её интересным памятником русского ономастикона.