Фамилия Тойбахтин — одна из тех, где корень не бросается в глаза и не лежит на поверхности. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин (отвечающий на вопрос «чей?»), остаётся основа Тойбахт. Она явно не славянская и не из привычного списка крестильных имён. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русской моделью.

Вероятнее всего, в основе лежит мужское имя или прозвище Тойбахты (Тойбахт). Разобрать его можно на две части: «той» — в тюркских языках это пир, праздник, свадьба, и «бахт» (или «бахты») — счастье, удача, доля. Таким образом, Тойбахты могло означать «счастливый на пиру», «праздничное счастье» или «свадебная удача». Имя с таким значением могли дать ребёнку, родившемуся в день большого торжества, либо как пожелание счастливой и богатой жизни. Суффикс -ин в фамилии указывает на то, что предка звали Тойбахта (в русской огласовке) или Тойбахт, а его потомки стали Тойбахтиными.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается она у башкир, татар и русских, живших по соседству. В русской среде тюркское имя могло быть переосмыслено как прозвище, а затем закрепилось в официальном документе — например, при переписи или рекрутском наборе. Интересно, что форма Тойбахтин (а не Тойбахтов) — более архаичная модель, характерная для фамилий, образованных от имён на -а/-я, что говорит о давнем вхождении слова в русский быт.

Другие версии, например, связь с башкирским словом «туйбахта» (какая-то ткань или предмет быта), менее убедительны: суффикс -ин в таких случаях обычно образует фамилии от прозвищ, а не от названий вещей, и звучала бы она тогда иначе. Поэтому основная и самая правдоподобная гипотеза — от имени-пожелания «счастливый на празднике». Носитель фамилии Тойбахтин, скорее всего, потомок человека, которого когда-то так прозвали за весёлый нрав или по случаю рождения.