Фамилия Тойдонова — женская форма фамилии Тойдонов, и её разбор стоит начать с основы, которая звучит нетипично для славянского уха. В русском языке нет корня «тойдон», и это сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или монгольского корня, что подтверждается географией её бытования: фамилия встречается у народов Алтая, Хакасии, Бурятии, а также у казахов.

В основе лежит мужское имя Тойдон. В тюркских языках «той» означает «пир», «праздник», а «дон» (или «тон») — «шуба», «одежда». Прямое значение составного имени — «праздничная шуба» или «одежда для пира». Однако в ономастике такие прозвища редко бывают буквальными. Скорее, имя Тойдон давали ребёнку, родившемуся во время большого праздника, или человеку, который славился богатой одеждой. В среде алтайцев и хакасов существовала традиция давать имена-пожелания, и «Тойдон» могло означать «живущий в достатке, как на празднике».

Модель образования фамилии — русский суффикс -ов, добавленный к тюркскому имени, что типично для XVIII–XIX веков, когда коренные народы Сибири и Алтая получали фамилии по русскому образцу. Суффикс -а в женской форме указывает на принадлежность к роду: «Тойдонова» — дочь или жена Тойдона.

Есть и менее вероятная версия: связь с монгольским словом «тойд» — «монах». В таком случае Тойдон могло быть прозвищем человека, чей сын стал ламой, или же ироничным именем для тихого, аскетичного человека. Но эта гипотеза слабее, так как суффикс -он в тюркских именах встречается чаще, чем в монгольских прозвищах.

Носители фамилии Тойдонова — это потомки тех, кто жил в южносибирских степях и предгорьях, занимался скотоводством или охотой. Сословно это могли быть «инородцы» (так в Российской империи называли нерусские народы Сибири), которые не знали крепостного права. Фамилия не получила широкого распространения за пределами региона, что делает её редкой и локальной.