Фамилия Трахунов — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В её основе лежит корень «трах-», который в русском языке имеет несколько значений, и выбор между ними зависит от контекста и истории конкретного рода.

Самый вероятный путь образования — от прозвища Трахун. В южнорусских и украинских говорах «трахнуть» означало не только нечто грубое, но и «ударить», «грохнуть», «сильно стукнуть». Соответственно, Трахун — человек, который производит шум, грохот, возможно, обладающий резким, громким голосом или тяжёлой походкой. Такое прозвище могли дать плотнику, кузнецу или любому ремесленнику, чья работа сопровождалась стуком. Суффикс -ун в русских прозвищах часто указывает на деятеля (бегун, крикун, ворчун), поэтому «Трахун» — это «тот, кто трахает» в значении «грохочет».

Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — связь со словом «трах» в значении «неудача», «провал» (ср. «трахнуть дело» — испортить, провалить). В этом случае прозвище Трахун могли дать невезучему человеку или тому, кто часто ошибался в работе.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе прозвища Трахун добавился притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Трахуна» или «из семьи Трахуна». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: ТрахунОв. Встречаются также варианты написания через «а» — Траханов, что может быть связано с акающим произношением.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где диалектная лексика с корнем «трах-» была более употребительна. В центральных и северных областях она практически не встречается. Среди однокоренных фамилий можно назвать Траханцев, Трахин, Трахов, но все они очень редки и не имеют массового распространения. Версия о тюркском происхождении (от слова «тарахан» — «потомок знатного рода») для фамилии Трахунов маловероятна: в русском языке тюркские основы обычно оформляются иначе (например, Тараханов).