Фамилия Трудовишников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, а вот суффикс выдаёт необычную словообразовательную модель. Разберём её по частям.

Корень здесь очевиден — «труд». Но сразу отметаем версию о происхождении от абстрактного понятия «трудолюбивый человек»: в русских фамилиях прямое отвлечённое качество почти никогда не становилось основой. Скорее всего, перед нами прозвище Трудовишник, образованное от слова «трудовик». В XIX — начале XX века трудовиками называли членов Трудовой группы — крестьянской фракции в Государственной думе, а также участников народнических и эсеровских кружков. Прозвище могли дать человеку, сочувствовавшему этим идеям, активному в крестьянском движении или просто носившему такую политическую «кличку».

Однако самый интересный элемент — суффикс «-ишн-». Это нестандартная для русских фамилий форма. Обычно фамилии на «-ов»/«-ев» образуются от названий профессий (Кузнецов, Столяров) или личных имён (Иванов). Здесь же мы видим суффикс «-ишник», характерный для прозвищ, обозначающих сторонника чего-либо (ср. «толстовец» — толстовишник, «народник» — народовишник). То есть Трудовишников — это буквально «сын того, кто был трудовишником» (сторонником трудовиков). Такая модель встречается в основном в южнорусских и украинских говорах, где фамилии на «-ишников» фиксируются как патронимы от прозвищ с суффиксом «-ишник».

Географически фамилия привязана к регионам, где было сильно крестьянское движение начала XX века — юг России, Поволжье, Сибирь. В дореволюционных метрических книгах она встречается крайне редко, что подтверждает её позднее происхождение: прозвище Трудовишник могло закрепиться за человеком именно в пореформенную эпоху, когда политическая активность крестьян стала заметным явлением.

Таким образом, Трудовишников — фамилия не ремесленная и не географическая, а идеологическая. Она рассказывает не о занятии предка, а о его общественной позиции, что для русских фамилий редкость. Сравните с однокоренными Трудов, Трудников — они нейтральны, а Трудовишников несёт отчётливый отпечаток эпохи политической борьбы.