Фамилия Трухоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, что в переводе означает «маленький» или «сын». Суффикс -енко исторически был самым продуктивным на Левобережной и Слободской Украине, и Трухоненко — один из тех случаев, где основа указывает на прозвище, а не на крестильное имя.

В основе лежит имя или прозвище Трухоня. Это уменьшительная форма от Трухан, а тот, в свою очередь, восходит к глаголу «трухать» — в южнорусских и украинских говорах это означало «бежать мелкой рысцой», «семенить», а также «трястись», «дрожать». Прозвище Трухан или Трухоня могли дать человеку суетливому, торопливому, либо тому, кто ходил быстрой, семенящей походкой. Есть и вторая, менее распространенная версия: связь с диалектным «труха» — труха, гниль, рассыпчатое вещество. В этом случае прозвище носило бы ироничный характер: так могли назвать человека хилого, слабосильного или, наоборот, слишком рыхлого.

Фамилия Трухоненко почти не встречается за пределами восточной Украины и юга России — это типичное явление для фамилий, образованных от диалектных прозвищ. В официальных документах XIX века носителей этой фамилии фиксировали в основном в Харьковской и Полтавской губерниях, где суффикс -енко был нормой для казацких и крестьянских родов. Сословно это, скорее всего, потомки казаков или государственных крестьян: дворянские фамилии на -енко в этой местности редки и обычно имеют другую основу.

Стоит обратить внимание на написание: Трухоненко, а не Труханенко. Форма с «о» (Трухоня) — результат аканья или специфического чередования в украинских говорах, где в безударном положении «а» переходило в «о». Это дополнительный маркер, указывающий на конкретный регион происхождения — скорее всего, южные районы Черниговщины или север Полтавщины. Если бы фамилия звучала как Труханенко, она была бы более «правильной» с точки зрения литературного украинского языка, но реальная форма говорит о живой народной речи.