Фамилия Трухонина образована от мужского прозвища или имени Трухоня, которое, в свою очередь, восходит к основе «трух-». В старину глагол «трухнуть» означал «трясти», «колотить», а в некоторых говорах — «трусить», «робеть». Отсюда и два основных значения прозвища: либо «трясущийся» — медлительный, вялый человек, либо «трусливый», «нерешительный». Правдоподобнее выглядит вторая версия: в народной речи «трухоней» чаще называли того, кто всего боится и избегает риска. Впрочем, не исключено и третье толкование — от диалектного «трухать» в значении «ехать шагом, не спешить», что тоже рисовало бы образ неторопливого, спокойного человека.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Трухон- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия Трухонина буквально означает «дочь или жена Трухони», где Трухоня — уменьшительная форма того самого прозвища. Такой тип именований широко представлен в ономастике восточных, западных и южных славян: славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого, а суффикс -ин закреплялся за основами, оканчивающимися на гласный или мягкий согласный.

Интересно, что фамилия Трухонина встречается в разных регионах России, но чаще — в северных и центральных областях, где диалектная лексика сохраняла слово «трухоня» дольше, чем в южных говорах. В документах XVII–XVIII веков попадаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией, что говорит о её недворянском происхождении: это именование простых людей, закрепившееся за их потомками. Родственные фамилии — Трухин, Труханов, Трухонин — образованы от тех же корней и различаются лишь суффиксами, но Трухонина выделяется тем, что исходная форма Трухоня звучит мягче и ласковее, что характерно для семейных или соседских прозвищ.

Если говорить о написании, то вариант Трухонина — это женская форма фамилии Трухонин, и в современных документах она склоняется по обычным правилам притяжательных прилагательных. Встречается и редкое ударение на второй слог — Трухóнина, но исторически вернее ударение на третий: Трухонúна, от имени Трухоня. Сегодня фамилия не слишком частая, но и не исчезающая: её носители живут по всей стране, и каждый раз, когда звучит это имя, в нём слышится отголосок давнего прозвища — то ли осторожного, то ли неторопливого предка.