Фамилия Трухонин образована от прозвища или нецерковного имени Трухоня. Основа здесь — глагол «трухать» или «трухнуть», что в диалектах означало «бояться, робеть, опасаться» или «трястись, дрожать». Соответственно, Трухоней в старину могли назвать человека пугливого, тревожного или, наоборот, того, кто сам «трусится» от холода или болезни. В говорах слово «труха» также имело значение «плохой, хилый, слабый», так что прозвище могло указывать на болезненность или немощность. В любом случае, суффикс -оня характерен для русских прозвищно-ласкательных форм, как, например, «тихоня» или «скромняга», и придаёт основе оттенок бытовой, неофициальной характеристики.

Фамилия Трухонин строится по простой и распространённой модели: основа Трухоня плюс притяжательный суффикс -ин. Такой суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: Трухонин — буквально «сын Трухони» или «человек из семьи Трухони». Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, особенно для Новгородской, Вологодской, Архангельской губерний, где эта модель преобладала над -ов. Встречается Трухонин и в южных регионах, но реже.

Интересно, что у фамилии есть «двойник» — Трухин, образованный от той же основы, но с другим суффиксом. Трухин — более краткая форма, а Трухонин — более развёрнутая, с сохранением прозвищного суффикса. В старых документах, например, в переписных книгах XVII века, можно встретить крестьян и посадских людей с именами Трухоня, Трушка, Труш — все они, скорее всего, одного корня. В словаре Веселовского упоминается «Трухоня, крестьянин, 1495 год, Новгород» — это одно из ранних свидетельств бытования такой формы.

Сословная принадлежность носителей фамилии Трухонин, скорее всего, была крестьянской или посадской. Дворянских родов с такой фамилией в истории России не зафиксировано. Встречается она преимущественно в Вологодской, Костромской и Ярославской областях, а также в Поволжье. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в метрических книгах церквей северных губерний — там шанс найти «своего» Трухонина выше всего.