Фамилия Трухоновец — редкий пример фамилии, образованной не напрямую от имени или прозвища предка, а от названия места, где он жил. Такой тип фамилий ономасты называют «топонимическим»: суффикс -ец в данном случае указывает на выходца из конкретного поселения. Трухоновец — это человек из Трухонова.

Само название Трухоново имеет две основные версии происхождения. Первая связывает его с прилагательным «трухлый» (или «трушной») — то есть «дряблый, рыхлый от ветхости, сопрелый, слежавшийся». В этом случае поселение получило имя по особенностям почвы или, возможно, по ветхим постройкам. Села с таким названием действительно встречаются в Смоленской и Брянской областях, где почвы часто болотистые и рыхлые.

Вторая версия — антропонимическая, и она не менее правдоподобна. Трухон — это народная форма канонического имени Трифон, которое в переводе с греческого означает «нежный». В русской традиции множество сел называли по имени владельца или первопоселенца, так что деревня Трухоново вполне могла быть основана человеком по имени Трухон (Трифон). Тогда фамилия Трухоновец сохранила память не о качестве почвы, а о конкретном человеке.

Сам суффикс -ец в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и обычно указывает на географическое происхождение. Носитель фамилии Трухоновец — потомок того, кто когда-то покинул родное Трухоново и переселился в другое место, где за ним и закрепилось прозвание «трухоновец». Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где прозвища по месту жительства были широко распространены.