Фамилия Трутченков — одна из тех, что хранит в себе память о прозвище дальнего предка. В основе лежит прозвище Трутко, а сама фамилия отвечает на вопрос «чей ты будешь?»: Трутченков — значит «внук или сын Трутка». Здесь мы видим характерную восточнославянскую модель: к прозвищу Трутко добавили суффикс принадлежности -енков (форма от -енко), который указывал на потомка, а затем фамилию адаптировали под русское окончание -ов.

Значение прозвища Трутко неоднозначно, и ономасты обычно предлагают две версии. Первая отсылает к слову «трут» — так называют и гриб-трутовик, растущий на пнях и стволах деревьев, и высушенный материал для разжигания огня. В этом случае прозвище могли дать заядлому грибнику или человеку, чей дом стоял у леса, где таких грибов было в изобилии. Вторая версия связывает прозвище с глаголом «трутить» — «жать, давить». Тогда Трутко — это «профессиональное» именование: так могли называть человека, занятого выжимкой масла из семян подсолнечника или льна. Тяжелый ручной труд по отжиму давал прозвище по инструменту или действию, которое он выполнял чаще всего.

История фамилии, судя по форме, началась на украинских или белорусских землях, где фамилии на -енко были особенно распространены. Род Трутченко, вероятно, позже перебрался в великорусские губернии, где фамилию «обрусили», добавив конечное -в. Так Трутченко превратился в Трутченкова, и эта форма закрепилась в документах.

Прозвище Трутко само по себе не редкость в старых писцовых книгах, но именно форма с суффиксом -енков встречается заметно реже, чем простые Трутковы или Трутневы. Это делает фамилию Трутченков более локальной и конкретной — она сохранила след миграции семьи и её языковой адаптации.