Фамилия Цаганкова — женская форма, а её смысл и происхождение нужно искать в мужском варианте Цаганков. В основе фамилии лежит прозвище или имя Цаган, которое напрямую отсылает к тюркским языкам, в первую очередь к калмыцкому или бурятскому. Слово «цаган» (или «саган» в ином произношении) означает «белый». В ономастике это типичный случай, когда цветовое обозначение становилось личным именем или прозвищем: Белый, Беляк, Цаган.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ков, а не -ов. В русской модели образования фамилий суффикс -ков обычно присоединялся к основам на -к или -ок (Кузнец — Кузнецов, но Цаган — Цаганков). Здесь же мы видим наращение -к-: Цаган + к + ов. Это указывает на то, что исходное прозвище Цаганка (уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от Цаган) или же на то, что фамилия формировалась в среде, где был распространён такой словообразовательный тип. В любом случае, Цаганков — «сын Цагана» или «сын Цаганки».

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крещёным калмыком, бурятом или представителем другого монголоязычного народа, вошедшего в состав Российского государства. Имя Цаган могло быть дано по внешнему признаку (светлые волосы, бледная кожа) или по религиозному символизму: у калмыков и бурят «цаган» — сакральный цвет, связанный с чистотой, молоком и божеством. Также не исключено, что прозвище Цаган носил русский человек, долго живший в степи и получивший его от соседей-кочевников, или же это прозвище относилось к торговцу, привозившему белые товары (соль, муку).

В отличие от фамилий, образованных от христианских имён (Иванов, Петров), Цаганкова стоит в ряду более редких, этнически окрашенных фамилий. Она не связана с ремеслом или географическим названием, а целиком опирается на личное прозвище, которое когда-то было единственным идентификатором человека в общине. Встречается фамилия преимущественно в регионах, где исторически жили калмыки (Астраханская область, Калмыкия) и буряты (Забайкалье), а также в местах их миграции в XX веке.