Фамилия Цаунэ — один из ярких примеров того, как русская письменность исказила иноязычное звучание. Скорее всего, перед нами не славянская, а западноевропейская фамилия, попавшая в Россию вместе с носителями немецкого или французского языков. Наиболее вероятная основа — немецкая фамилия Zaune, Zau(e)ne или её французский аналог. В немецком языке слово Zaun означает «забор, изгородь», а Zauner — «тот, кто живёт у изгороди» или «изготовитель плетней». Если корень французский, то можно предположить искажение фамилии типа Saune (от названия реки или местности). Фамилия Цаунэ могла закрепиться за потомками иностранных специалистов (ремесленников, врачей, офицеров), приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках и обрусевших.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая — связь с тюркскими или кавказскими языками. Например, в адыгских языках есть звукосочетания, близкие к «цау», но для уверенного вывода не хватает данных. Важно, что фамилия Цаунэ не входит в списки массовых русских фамилий — она редкая, штучная. Её носители, скорее всего, сосредоточены в крупных городах или на юге России, куда исторически переселялись немецкие колонисты. Суффикса в привычном славянском понимании (-ов, -ин) здесь нет, что указывает на позднюю фиксацию в документах без адаптации под русскую модель. Поэтому по фамилии Цаунэ сложно судить о сословной принадлежности предков — они могли быть и крестьянами-колонистами, и городскими ремесленниками, и дворянами, если фамилия досталась от офицера на русской службе.