Фамилия Цебекова — женская форма мужской фамилии Цебеков. Её основа, корень «Цебек», — это адаптированное на русской почве личное имя или прозвище. Скорее всего, оно имеет тюркское происхождение, распространённое у народов Северного Кавказа, Поволжья или Закавказья. В тюркских языках есть слово «цебек» (в разных диалектах — чебек, чибек), которое может означать «птенец», «цыплёнок» или, в переносном смысле, «малыш», «младший». Такое прозвище давали самому младшему ребёнку в семье либо человеку маленького роста и хрупкого телосложения.

Модель образования фамилии проста: к основе «Цебек» добавлен русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Цебеков). Это типичный способ русификации нерусских имён в XIX–XX веках, когда при переписях и составлении метрик местным жителям давали фамилии по имени отца. Таким образом, Цебеков — буквально «сын Цебека». Женская форма Цебекова — «дочь или жена Цебекова».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где сильны тюркские языковые влияния: Калмыкия, Дагестан, Чечня, Ингушетия, а также к южнорусским областям, куда переселялись народы с Кавказа. Встречается и у астраханских, ростовских казаков, где в прошлом были смешанные браки и ассимиляция местных этносов.

Сословная принадлежность предков Цебековых, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В советское время фамилия не была широко распространена, но встречается в метрических книгах и списках избирателей 1920–1930-х годов, особенно в Калмыкии и на Ставрополье.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с монгольским словом «цэвэг» — «чистый», «святой». Однако для русской фамилии такое значение маловероятно, так как в ономастике тюркские прозвища по возрасту или внешности встречаются гораздо чаще, чем абстрактные эпитеты. Поэтому версия с «птенцом» или «младшим» остаётся основной.