Фамилия Цехонина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Цехонин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае исходная форма — Цехоня. Это прозвище или уменьшительное имя, и разбор фамилии стоит начать именно с него.

Корень «цех-» сразу отсылает к ремесленному объединению — цеху. В допетровской и петровской России цехами называли корпорации мастеров одной специальности: кузнецов, сапожников, портных. Прозвище Цехоня могли дать человеку, который принадлежал к цеху, был цеховым мастером, либо, наоборот, отличался строгим следованием цеховым правилам и порядкам. Суффикс -оня в прозвище — уменьшительно-ласкательный или ироничный (ср. Степан — Степоня, цех — цехоня), так что прозвище могло означать «маленький цеховой», «цеховичок», возможно, подмастерье.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «цех» или «цеха» — так в некоторых говорах называли деревянную колотушку, било или часть ткацкого станка. Тогда Цехоня — прозвище мастера, работавшего с таким инструментом, или ткача. Но первое объяснение, через цеховую организацию, более распространено и логично.

Фамилия редкая. Географически она тяготеет к центральным и северо-западным областям России, где исторически были развиты ремесленные цеха и слободы. Встречается в писцовых книгах XVII века, но не массово. По сословной принадлежности носители фамилии Цехонин — скорее всего, посадские люди, ремесленники, мещане, а не дворяне. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и гербовниках нет.

Таким образом, фамилия Цехонин образована по стандартной модели от прозвища Цехоня, которое указывало на принадлежность предка к ремесленному цеху. Это не географическая фамилия и не фамилия от крестильного имени — она чисто социальная, профессиональная, и именно этим интересна.