Фамилия Циковкен — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). Это видно по окончанию -кен, которое характерно для восточнопрусского и вообще нижненемецкого диалектного ареала. В немецком языке суффикс -ken (или -chen) — это уменьшительно-ласкательная форма. В фамилиях он часто указывал на то, что прозвище дали человеку небольшого роста, младшему в семье или просто как ласковое обращение.

Основа фамилии — «Цик» (Zick). В немецком языке это слово имеет два основных значения. Первое — «козлёнок» или «коза». Второе, более редкое и диалектное, — «капризный, упрямый человек» (от zickig — капризный). Скорее всего, прозвище Цик (Zick) дали либо человеку с упрямым и своенравным характером, либо, что в крестьянской среде было не менее вероятно, тому, кто держал коз или пас их. Тогда фамилия Циковкен буквально означает «маленький Цик» или «сын/потомок Цика».

Важно понимать, что в XIX веке, особенно в Прибалтике и бывшей Восточной Пруссии, была распространена практика германизации фамилий. Немецкое окончание -ken могло быть добавлено к основе, которая изначально звучала иначе. Однако в данном случае основа настолько прозрачна (Zick), что версия о чисто немецком происхождении самая прямая и правдоподобная. Фамилия могла принадлежать немецким колонистам, переселившимся в Российскую империю при Екатерине II, или еврейским семьям, жившим в черте оседлости и получившим фамилию от немецкого слова.

С географической точки зрения, фамилия Циковкен с высокой вероятностью локализуется в бывших немецких поселениях на Волге, в Причерноморье или в Прибалтике. В современной России она встречается редко, что подтверждает её узкорегиональное иноязычное происхождение. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, эта фамилия не склоняется по падежам как типично русская, что тоже служит косвенным признаком её немецкой основы.