Фамилия Циковкин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. На слух она напоминает фамилии на -кин, которые обычно образуются от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -ка: Фомка → Фомкин, Сенька → Сенькин. В случае Циковкина разбор сложнее, потому что «Циков» как самостоятельная основа в русском языке не встречается. Скорее всего, перед нами вариант фамилии, образованной через двойной суффикс: сначала -ов, а затем -ин, что характерно для регионов, где смешивались разные модели словообразования.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Цик или Цика. В южнорусских и украинских говорах «цикать» означало «цыкать», то есть прикрикивать, шипеть или издавать резкий звук. Прозвище Цика могли дать человеку с резким голосом, раздражительным характером или, напротив, тому, кто работал с животными и использовал цыканье как команду. От прозвища Цика закономерно появилась фамилия Циков (чей? — сын Цики), а затем уменьшительная форма Циковкин («маленький Циков» или «сын Цикова»). Такая цепочка встречается, например, у фамилий Волков → Волковкин, Жуков → Жуковкин.

Менее распространённая, но возможная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «циковка» — так в некоторых областях называли мелкую монету или предмет, издающий звон (от «цикнуть» — ударить). Если прозвище Циковка дали человеку, который был мелочным, прижимистым или работал с деньгами, то фамилия Циковкин — это уже «внук» или «сын» такого человека. Однако ударение в фамилии падает на второй слог (Цико́вкин), что больше соответствует первой версии: Цико́в — от Цика́.

Географически фамилия тяготеет к югу России и украинским губерниям. В дореволюционных переписях Циковкины встречались в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях — как раз там, где «циканье» было обычной чертой говора. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы: фамилия не дворянская и не купеческая, суффикс -кин указывает на бытовое, «домашнее» происхождение.

В современном написании фамилия сохраняет редкую букву «ц» в начале, что сразу отличает её от более частых Цыковкиных (с «ы»). Встречаются варианты Циковин, Циковенко — они уже явно украинские по модели. Для носителя фамилии Циковкин ключевая зацепка — это связь с характером или манерой поведения предка: скорее всего, он был человеком резким, «цыкающим», либо его прозвали по звуку, который он издавал.