Фамилия Цилибина — женская форма мужской фамилии Цилибин, которая образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Цилибин буквально означал «сын Цилибы» или «человек из дома Цилибы». В центре фамилии — прозвище или некалендарное имя Цилиба.

Само слово «цилиба» в русских говорах не зафиксировано как общеупотребительное, но у него есть прозрачные параллели. Вероятнее всего, основа связана с глаголом «цилить» — в некоторых областях так говорили о пристальном, прищуренном взгляде, или о действии «цедить, процеживать». Тогда Цилиба — человек с характерной манерой смотреть, возможно, щурился, либо тот, кто занимался кропотливым, «цедильным» ремеслом. Менее убедительна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным «циля» — так в псковских и тверских говорах называли телёнка. В этом случае прозвище могло быть дано за сходство с животным или за уход за скотом.

География фамилии узкая. По данным переписей, Цилибины встречаются в основном на северо-западе России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение корня — именно в северных и северо-западных говорах бытовали слова с корнем «цил-». Социально фамилия, скорее всего, крестьянская: суффикс -ин свойственен в первую очередь непривилегированным сословиям, а сама модель образования от прозвища типична для сельской среды, где человека называли не по отцу, а по его собственной примете.

Интересная деталь: фамилия Цилибин не попала в классические дореволюционные справочники дворянских родов. Это значит, что её носители в большинстве своём были людьми «тяглыми» — крестьянами или мещанами. Встречается также вариант написания с одной «л» — Цилибин, но он редок и, возможно, следствие ошибки писаря. В целом фамилия сохранила связь с живым народным словом, которое почти исчезло из речи, но осталось в паспорте.