Фамилия Цилипоткина — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от глагола, описывающего характер или манеру поведения. В основе лежит диалектное слово «цилипать» или «цылипать» — так в южнорусских и, возможно, в некоторых белорусских говорах называли щипать, отщипывать, брать понемногу или, в переносном смысле, придираться, цепляться к мелочам. Человек, получивший прозвище Цилипотка, мог быть придирчивым, дотошным или, наоборот, тем, кто «щиплет» работу по кусочкам, делает урывками.

Суффикс -отк- в прозвищной основе — редкая и выразительная деталь. В русской ономастике такие суффиксы часто придают слову оттенок длительности или повторяемости действия (сравните с «топот», «шепот»). То есть Цилипотка — это не тот, кто однажды «цилипнул», а кто постоянно занимается этим действием: «цилипочет», суетится, придирается. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища Цилипотка через притяжательный суффикс -ин — «чей?» — «сын Цилипотки». Женская форма Цилипоткина закрепилась в документах как вариант от мужской Цилипоткин.

География фамилии узкая. Наиболее вероятный ареал — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также приграничные районы Украины. В этих местах слово «цилипать» фиксируется в диалектных словарях. В центральных и северных областях России фамилия практически не встречается, что подтверждает её местное, диалектное происхождение. В дореволюционных переписях она не попала в число дворянских — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, чьё прозвище закрепилось в качестве родового имени.

В написании фамилии возможна путаница: вариант через «ы» — Цылипоткина — тоже встречается, но реже. Это объясняется тем, что в южнорусских говорах звук «и» после «ц» часто произносится твёрдо, как «ы», а на письме могло отражаться как «цылипать». Однако в современной орфоэпической норме закрепилась форма с «и» после «ц», что и отражено в паспортных данных большинства носителей. Фамилия однокоренная с более известной, но тоже редкой фамилией Цилипков, где суффикс -к- указывает на однократность действия — «тот, кто цилипнул».