Фамилия Циоменко — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю языка. Типичный украинский суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России, где такие фамилии в XVI–XVII веках массово получали потомки по отцу: Циоменко — буквально «сын Циомы». Вся загадка — в корне.

Самая вероятная версия: Циома — это фонетический вариант слова «цёма». В южнорусских и украинских говорах «цёмать» означало «чмокать», «целовать». Соответственно, Цёма — ласковое прозвище нежного, ласкового человека или, наоборот, того, кто любил громко чмокать за едой. Переход «ё» в «и» под ударением (цёма → циома) — явление нередкое в диалектах, особенно при записи фамилии чиновником на слух.

Менее убедительна, но возможна связь с греческой фамилией Циомас (Τσιώμας), которую могли принести в Причерноморье греческие переселенцы. В этом случае корень восходит к греческому «τσιώμα» — «губа», что возвращает нас к той же семантике. Однако массового греческого следа в фамилии Циоменко нет, и версия с местным прозвищем выглядит естественнее.

Фамилия почти не встречается в старых ревизских сказках и метриках центральной России — её ареал узок: юг Украины, Запорожье, Днепропетровщина, а также Ростовская область и Краснодарский край. Носители, скорее всего, потомки казаков или крестьян из этих мест, получивших фамилию по уличному прозвищу предка. Никакого дворянского или священнического происхождения у Циоменко не прослеживается — это фамилия простых людей, за которой стоит живое, бытовое прозвище.