Фамилия Цишецкая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Цисецкая, которая образована от названия населённого пункта Цисец или Циша. В Польше и на западе Беларуси встречаются топонимы с корнем «цис» (от польского «cis» — тис), например, деревни Цисе, Цисево. Житель такой местности получал прозвище Цисецкий, а его жена или дочь — Цисецкая. Переход «с» в «ш» (Цишецкая вместо Цисецкая) — типичная черта белорусского или украинского произношения, где мягкое «с» перед «е» звучит как «ш». Таким образом, фамилия указывает на родовое гнездо в регионе, где когда-то рос тис — дерево, ныне редкое, но почитаемое в славянской и балтийской традициях.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Циша. В западнорусских говорах «циша» могло означать «тишина», «спокойствие» (ср. украинское «тиша»). Тогда Циша — человек молчаливый, тихий. В таком случае фамилия образована по польско-белорусской модели на -ский/-цкий, которая в XVI–XVII веках была популярна среди шляхты и мещан: от прозвища Циша — Цишецкий, а его женская форма — Цишецкая.

Сам суффикс -цк- (вместо более распространённого -ск-) указывает на то, что основа оканчивалась на -ц или -ч: Циц-а → Циц-кий, Циш-а → Циш-ецкий. Это типично для топонимических фамилий Речи Посполитой. Если бы фамилия была великорусской, мы бы скорее увидели Цишин или Цишов.

Сословно носительницы фамилии Цишецкая могли принадлежать к мелкой шляхте или зажиточным крестьянам западных губерний — Гродненской, Минской, Волынской. В XIX веке фамилии на -ский/-цкий в этом регионе не были исключительно дворянскими, их активно принимали и крестьяне при унификации фамилий после отмены крепостного права. Однако сама модель образования (от названия имения или села) изначально была шляхетской.

В современной России фамилия встречается крайне редко, чаще всего у потомков переселенцев из западных областей. Она легко опознаётся как «польская по духу», хотя носители могут быть и русскими, и белорусами, и украинцами.