Фамилия Цмугун — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные славянские словообразовательные модели: в ней нет ни суффиксов -ов, -ин, -ский, ни типичных для русского языка корней. Единственное, что можно сказать с уверенностью: по своему строению это не русская, а заимствованная фамилия, которая попала в русскую среду, скорее всего, через устную передачу и была записана на слух.

Наиболее вероятное объяснение — восточное, а именно тюркское или кавказское происхождение. В тюркских языках встречаются корни «цум» или «чым» (трава, дерн, луг) и «гун» (день, солнце, либо суффикс принадлежности). Но в сочетании «Цмугун» ни один из этих корней не даёт внятного значения. Более правдоподобна версия, что фамилия — искажённая форма от фамилии Цмугунов или Цмугунян, где конечный -ов или -ян отпал при записи. Например, в армянском языке существует фамилия Цмугун (от «цмуг» — печаль, скорбь), которая могла быть русифицирована, но при переписи или в документах утеряла суффикс. Однако и это лишь догадка: ни в одном доступном ономастическом словаре (ни у Унбегауна, ни у Никонова, ни у Веселовского) фамилия Цмугун не упоминается.

Географически носители фамилии встречаются единично, в основном на юге России — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Закавказье. Это косвенно указывает на то, что фамилия могла попасть в русскую среду через смешанные браки или миграцию из регионов, где были распространены тюркские или кавказские языки. Социальный контекст восстановить почти невозможно: прозвище или ремесло, стоящее за основой, не поддаётся реконструкции без дополнительных данных.

Единственная уникальная деталь, которая выделяет Цмугун среди прочих фамилий, — это её фонетический облик. Сочетание «цм» в начале слова для русского языка нетипично (ср. цмин, цмур — заимствования), и фамилия звучит как инородное тело. Если бы фамилия была славянской, она бы уже давно «обрусела» — например, превратилась бы в Цмугунов. Этого не произошло, что говорит либо о позднем появлении в русских документах, либо о сознательном сохранении исходной формы её носителями.