Фамилия Цмугунов — редкая и неочевидная для носителя русского языка. Её происхождение уходит в языки народов Кавказа, и ключ к пониманию лежит не в славянской морфологии, а в географической и этнической привязке.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «Цмугун» плюс русский патронимический суффикс «-ов». Это значит, что фамилию русифицировали, привели к привычной для Российской империи форме, когда фиксировали фамилии горских народов. Без суффикса «-ов» исходная форма звучала бы как Цмугун — и именно в ней скрыта основа.

Скорее всего, корень — осетинский или ингушский. В осетинском языке есть слово «цмуг» или «цмугъ», которое означает «толстый», «грузный», «массивный». Имя или прозвище Цмугун могло характеризовать человека по внешности: плотного, крепкого телосложения. В ингушской ономастике встречаются фамилии, образованные от похожих корней, и Цмугунов может быть адаптированным вариантом ингушской фамилии Цмуг (или Цмог). В этом случае суффикс «-ун» мог служить указанием на принадлежность к роду или местности, а «-ов» добавили уже при записи в русские документы.

Есть и менее вероятная версия, связывающая основу с тюркскими языками, где «цму» могло исказиться от «чмур» (хмурый, угрюмый), но фонетика здесь спорная, а кавказское происхождение подтверждается географией фамилии. В современных базах данных Цмугуновы встречаются преимущественно в Северной Осетии и Ингушетии, что делает версию с осетинским или ингушским корнем основной.

Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были осетинами или ингушами, получившими фамилию по прозвищу, которое давали по внешним чертам. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или горской среды, где прозвища приживались прочно и переходили в родовые имена.