Фамилия Цмугунова — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии происхождения. Если вы встретили эту фамилию, с высокой вероятностью её носители родом с Северного Кавказа, а точнее — из Осетии. В осетинском языке есть слово «цмуг» (или «цмыху» в диалектном произношении), которое означает «упрямый», «несговорчивый», «крепкий лбом». Прозвище Цмуг давали человеку с твёрдым, неуступчивым характером, того, кого трудно переубедить или сломить. Суффикс -ун- в осетинских фамилиях — распространённый патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду: Цмугун — потомок Цмуга. Русское окончание -ова появилось при оформлении фамилии в документах, когда осетинские фамилии русифицировали.

Альтернативная версия, которую иногда выдвигают, — связь с тюркским корнем «чмук» или «шмук», что в некоторых диалектах означало «горбун» или «сгорбленный». Но эта гипотеза слабая: во-первых, фамилия с таким корнем почти не встречается в тюркоязычных регионах, во-вторых, осетинская этимология объясняет и суффикс, и ареал бытования. В осетинском именослове модель «прозвище + -ун + -ов/а» типовая: достаточно вспомнить фамилии Дзагуров, Кцоев, Бигулов, где основа тоже восходит к личной характеристике.

С точки зрения словообразования, Цмугунова стоит в ряду фамилий, которые не выводятся из крестильного имени или профессии, а напрямую отражают прозвище родоначальника. Это говорит о том, что предок был заметен в общине именно своим нравом — возможно, был старейшиной, которому не боялись перечить, или, наоборот, человеком, с которым избегали споров. Сословно такие фамилии в Осетии не были закреплены за знатью: их носили и свободные горцы, и зависимые крестьяне, главное — чтобы прозвище прижилось в роду.

В современной России фамилия остаётся крайне редкой, её концентрация — в Северной Осетии и среди осетинской диаспоры. Встречается и мужской вариант — Цмугунов, но женская форма Цмугунова, по правилам русской грамматики, закрепилась как паспортная для женщин. Если искать параллели в написании, стоит обратить внимание на фамилию Цмухов — она образована от той же основы, но с другим суффиксом (-ов вместо -ун-ов). Разница в том, что Цмух — более краткое прозвище, а Цмугун — форма с родовым показателем, то есть «сын Цмуга».