Фамилия Цомаия — редкий случай, когда по одному только окончанию можно безошибочно определить географию происхождения. Суффикс -ия (в грузинском варианте -ია) — характерный признак грузинских фамилий западно-грузинского ареала, особенно распространённый в Мегрелии и Гурии. В отличие от более известных окончаний -дзе или -швили, формант -ия указывает на более древний пласт и часто встречается у фамилий, образованных от личных имён или прозвищ.

Основа фамилии — Цома (ცომა). Скорее всего, это краткая форма от грузинского имени или прозвища. Наиболее вероятная версия связывает её со словом «цома» (ცომა) — «тесто» в некоторых диалектах. В таком случае прозвище мог получить пекарь или человек, занимавшийся выпечкой хлеба. В ономастике подобные «профессиональные» прозвища, перешедшие в фамилии, — обычное дело: например, русский Пекарев или итальянский Форнари. Менее распространённая гипотеза возводит Цома к личному имени, возможно, сокращению от сложносоставных имён вроде Цотне или Цомала.

Цомаия — фамилия не массовая, но хорошо локализованная. Её носители традиционно проживают в западной Грузии, преимущественно в селах Зугдидского и Чхороцкуского муниципалитетов. В русскоязычной среде фамилия сохранила исходное ударение на последний слог — Цомаия́, хотя в бытовой речи нередко можно услышать вариант с ударением на второй слог.

С точки зрения социального контекста, Цомаия — фамилия крестьянского происхождения, что типично для мегрельских фамилий на -ия. В дореволюционной Грузии такие фамилии не указывали на княжеский или дворянский род, а скорее закрепляли за конкретной семьёй её ремесленную или бытовую характеристику. Встречается и вариант написания Цомая — результат упрощения при адаптации в русском языке, но исходная форма Цомаия считается нормативной.