Фамилия Цубатова — женская форма фамилии Цубатов, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. В русском языке нет слова «цубат» или «цубатый», поэтому корень, скорее всего, заимствованный или диалектный. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками, где «цуба» или «чуб» (в разных фонетических вариантах) могло означать «чуб», «хохол» или «прядь волос». Суффикс -ат- в основе указывает на признак: «цубатый» — обладающий таким чубом. В таком случае прозвище Цубат или Цубатый давали человеку с заметной, торчащей прядью волос, возможно, казаку или боярину, носившему оселедец. Модель образования проста: от прозвища с суффиксом -ов/-ев появилась фамилия Цубатов, а Цубатова — её женский вариант.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с гидронимом или топонимом. В некоторых регионах (например, в бассейне Дона или Кубани) есть реки и балки с названием Цуба, Цубата. Тогда фамилия могла возникнуть у переселенца из местности с таким названием: «Цубатов» — выходец с Цубаты. Однако письменных подтверждений этой гипотезы мало, и она уступает первой по правдоподобию.

Интересно, что фамилия Цубатова встречается преимущественно на юге России — в Краснодарском и Ставропольском краях, Ростовской области. Это косвенно подтверждает связь с казачьей средой, где чуб (оселедец) был традиционным элементом внешности. В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Цубатовъ, а в устной речи иногда редуцировалась до Цубатов, без смягчения. В современном русском языке ударение, скорее всего, падает на второй слог: Цуба́това, хотя в говорах возможны варианты.