Фамилия Цупилин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, связанного с внешностью или характером человека. В её основе лежит слово «цупа» или «цупля». В русских говорах, особенно южных и западных, так называли человека с оттопыренными ушами, лопоухого. Слово имеет звукоподражательную природу и родственно глаголу «цупать» — хватать, щипать, что тоже могло дать прозвище цепкому, хваткому человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Цупилин — сын Цупилы, то есть потомок человека по прозвищу Цупила. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а, -я. В документах XVII–XVIII веков, например в переписных книгах, можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищами Цупа, Цупила, что подтверждает бытование этой основы в живой речи.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается в Тульской, Рязанской, Воронежской губерниях. В этих краях слово «цупля» в значении «ухо» или «лопух» было в ходу, что и породило прозвище, а затем и фамилию.

Версия о происхождении от слова «цыпа» (цыплёнок) менее убедительна: фамилии Цыпин и Цыпкин существуют отдельно, а звук «у» в корне фамилии Цупилин указывает именно на вариант «цупа». Таким образом, предки носителей фамилии Цупилин, скорее всего, были людьми с заметной внешней особенностью, которую в деревне не преминули подметить и закрепить в прозвище, ставшем родовым именем.