Фамилия Цупилина — это женская форма, а её основа — мужская фамилия Цупилин. Чтобы понять происхождение, нужно разобрать суффикс. Фамилии на -ин в русском языке чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Значит, в основе лежит прозвище или имя Цупила.

Самая правдоподобная версия связывает Цупилина с диалектным глаголом «цупить» или «цупать». В южнорусских и украинских говорах «цупить» означает «хватать, брать, тащить», а также «быстро идти» или «жадно есть». Прозвище Цупила могли дать человеку с хватким характером, тому, кто умел быстро и ловко что-то заполучить, или же просто торопыге. В ономастике такие прозвища от глаголов действия — обычное дело: человек получал имя по яркой поведенческой черте.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским словом «цуп» — так называли рукоятку, черенок ножа или палку. В этом случае прозвище Цупила мог получить мастер, делавший рукояти для инструментов, или просто высокий, худой человек, которого сравнивали с палкой. Однако глагольная версия кажется более органичной для образования фамилии.

Географически фамилия Цупилин встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что подтверждает её связь с южнорусской и украинской лексикой. Встречается она нечасто, что указывает на локальное происхождение — вероятно, от одного прозвища в конкретной местности. Таким образом, предок носительницы фамилии был, скорее всего, человеком с цепкой хваткой или быстрым нравом, за что и получил своё прозвище.