Фамилия Цвыгунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с резким, взрывным действием. Корень здесь — диалектный глагол «цвыгать», который в южнорусских и украинских говорах означает «хлестать, стегать, бить с размаху», а также «плескать, брызгать». Человек, получивший прозвище Цвыгун, мог быть либо задирой, любителем пускать в ход кулаки, либо, что тоже вероятно, тем, кто работал с жидкостями — например, бондарем, который плескал водой при мытье бочек, или лодочником, орудующим веслом.

Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию: бегун, крикун, говорун. Цвыгун — «тот, кто цвыгает». Форма Цвыгунов — стандартная патронимическая модель, означающая «сын Цвыгуна». Фамилия закрепилась на юге России, особенно в Курской, Белгородской и Воронежской областях, где диалектная лексика сохранила этот глагол в обиходе. Встречаются также варианты Цвыган, Цвыганов, но Цвыгунов — самая частотная форма.

Интересно, что фамилия Цвыгунов не попала в общероссийские списки дворянских родов и не фиксируется в старых московских боярских книгах. Это верный признак крестьянского или казачьего происхождения. Предки носителя фамилии, скорее всего, были черносошными крестьянами или однодворцами — служилыми людьми на южных границах, которые и сохранили в быту такую яркую, звукоподражательную лексику. Написание с буквой «ы» после «ц» — архаичное, оно отражает старую орфографическую норму, когда после ц писали ы, а не и (как в слове «цыган»).

Таким образом, фамилия Цвыгунов — не про географию и не про имя святого. Она про характер: про резкого, возможно, вспыльчивого человека, за которым закрепилось прозвище по действию. В современном звучании она звучит необычно, но её корни — в обычной крестьянской речи, где точное слово ценилось выше благозвучия.