Фамилия Цыбаногина — женская форма фамилии Цыбаногин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Это редкая, «говорящая» фамилия, которая образована от прозвища, и её корень сразу бросается в глаза.

Основа фамилии — слово «цыба». В русских говорах, особенно южных и западных, «цыба» означала либо цаплю, либо человека с длинными, тонкими ногами (сравните с «цыбарка» — длинноногая птица). Вторая часть — «нога» — усиливает эту характеристику. Получается, что прозвище Цыбанога дали человеку с длинными, худыми или неуклюжими ногами, возможно, напоминавшими птичьи. Это типичный пример «прозвищной» фамилии, которая описывала внешность предка, а не его профессию.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Цыбаногин — сын Цыбаноги. Такая модель (основа на -а/-я + -ин) характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на гласный. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как прозвища из бытовой лексики редко закреплялись за высшими сословиями.

Географически фамилия могла возникнуть в регионах, где было распространено слово «цыба» — это Псковская, Тверская, Смоленская области, а также часть Белоруссии. Встречаются варианты написания: Цыбаногин и, реже, Цыбаногин (с ударением на втором слоге). В переписях XIX века такая фамилия могла фиксироваться как Цыбаногов (с суффиксом -ов), если писарь переделывал её на более привычный лад, но форма Цыбаногин сохранилась как более точная.

Других версий, например, связи с тюркскими корнями или географическими названиями, для этой фамилии нет — слишком прозрачна семантика. Единственный спорный момент: могло ли прозвище относиться к человеку, который подражал цапле (например, в повадках или походке), а не просто обладал длинными ногами. Обе версии правдоподобны, но первая — о внешности — встречается в ономастике чаще.