Фамилия Цыбиногина — редкий пример, где образование пошло не от прямого мужского варианта, а от женского прозвища или имени. Основа здесь — Цыбиногин (мужская форма), а она, в свою очередь, восходит к прозвищу Цыбино́га. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Цыбиногин», то есть сын или потомок Цыбиноги. Это типичная для русских фамилий модель, но с необычным корнем.

Разбираем прозвище Цыбино́га. Первая часть — «цыба» или «цыбка». В русских говорах, особенно южных и западных, «цыба» — это либо длинноногая птица (например, цапля или чибис), либо прозвище долговязого, худого человека с длинными ногами. Вторая часть — «нога» — усиливает эту характеристику. Получается прозвище-описание: «человек с ногами, как у цапли» или просто «длинноногий». Скорее всего, предок выделялся ростом или походкой, и это закрепилось в уличном прозвище.

Фамилия имеет явные следы диалектной основы. Подобные прозвища (Цыба, Цыбин, Цыбенко) встречаются в курских, воронежских, донских говорах, где слово «цыба» было в ходу. Вероятно, носители фамилии Цыбиногины происходят из южнорусских или западнорусских регионов. Обратите внимание, что фамилия оканчивается на -ина, а не на -ова, что характерно для прозвищ, образованных от слов женского рода (нога) или от основ на -а.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с тюркским «цыбын» (насекомое, мошка), но это маловероятно: прозвище «Цыбино́га» слишком прозрачно складывается из двух славянских корней. Также маловероятна связь с фамилией Цыбиков (бурятская, от имени Цыбик) — разное происхождение и разная суффиксация.

В итоге: фамилия Цыбиногина — это «сын (потомок) длинноногого», прозвище, данное по внешней примете. Редкий случай, когда женская форма фамилии (на -ина) сохранила исходное прозвище в почти неизменном виде, без стяжения в более привычные Цыбин или Цыбенков.