Фамилия Цибиногина — женская форма фамилии Цибиногин, и её происхождение стоит искать в мужском варианте, который образован по типичной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Цибиногин — «сын Цибиноги», где Цибино́га — это прозвище или неканоническое имя отца.

Ключ к разгадке — основа «Циб-». В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «циба» или «цыба» означало «нога», «длинная нога», «ходуля». Отсюда же идёт «цыбать» — ходить, шагать, а «цыбастый» — длинноногий. В словаре Даля «цыба» — это и «нога» (шутливо), и «длинноногий человек». Прозвище Цибино́га, скорее всего, дали человеку с длинными, худыми или неуклюжими ногами — по внешнему признаку.

Модель образования проста: прозвище Цибино́га (корень «циб-» + «нога») + суффикс притяжательности -ин → Цибиногин («чей?» — «сын Цибиноги»). Женская форма Цибиногина — это уже «жена или дочь Цибиногина». Фамилия редкая и, вероятно, имеет очаговое распространение в одном или нескольких регионах, где сохранилась диалектная лексика. В официальных справочниках по русским фамилиям (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются: прозвища, состоящие из двух частей, где вторая часть — «нога», не редкость (ср. Кривоногов, Долгоногов).

Вторая версия, менее вероятная, связывает «циба» с диалектным «цыба» — «коза» (в некоторых южнорусских говорах). Тогда Цибино́га могло быть шутливым прозвищем человека, похожего на козу (например, с козлиной бородкой или прыгучей походкой). Но семантика «нога» выглядит надёжнее, так как прямо описывает внешность.

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Сословной истории по ней нет — это фамилия из народа, закрепившаяся в документах после отмены крепостного права в XIX веке. Носительницам фамилии стоит обратить внимание на регионы Русского Севера и Сибири: именно там чаще фиксировались «ходячие» прозвища с корнем «циб-/цыб-».