Фамилия Цыганина — женская форма, а её мужской вариант, Цыганин, образован по самой частотной русской модели: от основы прозвища или имени плюс суффикс -ин. Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, крепится к основам, оканчивающимся на -а или -я. Значит, в основе лежало слово «цыган» или производное от него «цыганя» — так в диалектах называли цыганёнка, ребёнка цыган.

Прозвище Цыган на Руси давали не только по этнической принадлежности. Чаще всего так называли смуглого, черноволосого человека или того, кто носил яркую, пёструю одежду — ассоциация с цыганским костюмом работала безошибочно. Второй распространённый случай — человек с непоседливым, кочевым характером, любитель странствий или переездов. В писцовых книгах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Цыган, и это не говорит об их происхождении, а лишь о внешности или поведении.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от уменьшительной формы канонического имени. В святцах есть имя Цецилий (лат. Caecilius — «слепой»), и в народной речи оно могло сократиться до Цыган или Цыганя. Однако эта гипотеза слабая: имя Цецилий было редким на Руси, и следов такой трансформации в исторических документах почти нет.

Фамилия Цыганин — не самая частая, но и не уникальная. Она бытует в центральных областях России, особенно в бывших рязанских и тамбовских землях, где исторически были цыганские стоянки и где прозвища по внешности давали особенно охотно. Встречаются варианты написания через «и» — Циганин, но словарь Унбегауна фиксирует именно форму с «ы» как основную, поскольку она передаёт живое произношение.

Так что предок носительницы фамилии Цыганина — скорее всего, русский крестьянин или ремесленник, которого за тёмные волосы, смуглую кожу или бродячий нрав прозвали Цыганом. Фамилия закрепилась в потомстве, как это обычно бывало в XVI–XVII веках, когда прозвища переходили в разряд наследственных имён.